বৃটিশকাল থেকেই ঈশ্বরদী একটি গুরুত্বপূর্ণ রেলওয়ে জংশন। এ ঈশ্বরদী জংশন স্টেশনটি পাকশী হার্ডিঞ্জ সেতু নির্মিত হওয়ার পূর্বে বর্তমান ঈশ্বরদী এয়ার পোর্ট এর নিকটবর্তী স্থানে অবস্থিত ছিল। সেই সময় পদ্মানদীর পশ্চিম পাড়ে রেলওয়ে ঘাট এবং পূর্ব পাড়ে রেলওয়ে সাড়া ঘাট লাইন ছিল। এপাড় ওপাড় নদী পথে রেলওয়ে ফেরীতে যাত্রী ও মালামাল পারাপার করা হত।
পরে পাকশী হার্ডিঞ্জ সেতু চালু হওয়ার পর ঈশ্বরদী স্টেশনটি বর্তমান স্থানে অবস্থিত হয়। সেই থেকে ভেড়ামারা স্টেশন হতে সোজা পাকশী হার্ডিঞ্জ সেতু পার হয়ে ঈশ্বরদী জংশন স্টেশন হয়ে আজিমনগর ও আব্দুলপুর পর্যন্ত নতুন লাইন চালু হয়। ০১/৭/২০০৯ খ্রিঃ সাঁড়া-ঈশ্বরদী হতে ভাঙ্গুড়া স্টেশন পর্যন্ত রেললাইন চালু হয়। বর্তমানে ৪টি গুরুত্বপূর্ণ রেলপথ ঈশ্বরদীর সাথে সংযুক্ত। এগুলো হল ঈশ্বরদী-খুলনা, ঈশ্বরদী-রাজশাহী, ঈশ্বরদী-পার্বতীপুর এবং ঈশ্বরদী- ঢাকা।
Planning and Implementation: Cabinet Division, A2I, BCC, DoICT and BASIS